El proceso de tratamiento de los líquidos cloacales se realiza en la moderna Planta de Tratamiento Terciario. Esta importante infraestructura, ubicada al norte de la ciudad de Villa Carlos Paz, permite que los líquidos que llegan altamente contaminados puedan ser reingresados al lago en forma de agua depurada, es decir, liberados de todos los nutrientes.

Esto se realiza mediante una tecnología denominada de Tratamiento Terciario. Para que esto ocurra se requiere un complejo proceso de transformación que involucra la estructura edilicia y el trabajo de 21 operarios capacitados para desempeñarse en distintos roles: 8 operadores de planta, 3 en secado de barros, 2 en planta de procesos, 5 en electromecánica y 3 en operación de redes.

Para volver a ser agua, los líquidos cloacales atraviesan una serie de pasos a lo largo de todo el sistema con que cuenta la moderna Planta de Tratamiento. Los líquidos ingresan por el desarenador, que retiene los sedimentos arenosos y los deriva hacia las piletas denominadas zanjas de oxidación. Posteriormente son depositados en dos grandes cisternas donde se sedimenta el contenido, decantando los coágulos por su propio peso hacia el fondo. Luego de ese proceso, el líquido se deriva hacia los compartimentos llamados floculadores, cuya función es separar el material líquido del sólido.

A partir de esto, se traslada el material hasta la estación de bombeo de barro que impulsa el contenido hacia dos nuevas piletas sedimentadoras, de menor tamaño que las anteriores. En ellas se repite el proceso de sedimentación y decantación que permite que los líquidos sean dirigidos hacia el último estadío en la cámara de contacto, que es donde se produce la cloración, proceso fundamental para la depuración. Una vez que los líquidos han sido depurados, es decir, transformados nuevamente en agua, son devueltos a la fuente original, el Lago San Roque.